Malazgirt Savaşı öncesi Selçuklular, 1064 yılında başlattıkları akınlarla Bizans’ın hâkimiyetine meydan okumaya başladığında Bizans iç karışıklıklar ve saltanat mücadeleleriyle zor günler geçiriyordu. Ülkenin yönetimi dul kalmış olan imparatoriçe Eudoxie’nin elindeydi. Ülkeyi tek başına yönetemeyen Eudoxie’nin evleneceği kişi Bizans İmparatoru olacaktı. O da onca damat adayına rağmen hapiste yatan Bizans Kumandalı Romen Diyojen’i seçerek evlenmiş, Bizans’ın imparatoru Romen Diyojen olmuştu. Şüphesiz Eudoxie, Romen Diyojen’le Selçuklu akınlarını durdurması için evlenmişti (1068).
Ama bu Malazgirt savaşı başlamasına engel olamadı. Diyojen, Selçukluların güçlü taarruzlarına karşı koyabilmek için 3 yıl boyunca hazırlandı. Bu hazırlıklar neticesinde hem Roma ordusu hem de Kuzey Karadeniz hattında yaşayan Türk boylarından Peçenek, Uz, Kıpçak toplumlarından paralı askerler ve Anadolu’daki toplumlardan ücreti karşılığında orduda hizmet edecek lejyonerler toplayarak 70 Bin kişilik bir ordu hazırladı.
3 yıl süren hazırlıkları neticesinde ordusunu toparlayan Romen Diyojen, Selçuklu Sultanı Alparslan’ın Mısır’a sefere çıkması ile birlikte harekete geçerek Selçuklu Toprakları üzerine taarruz başlattı. Alparslan, Mısır’a doğru yola çıkmışken Bizans Ordusunun taarruzunu öğrenince geri dönerek Suriye Hattına doğru ilerleyişe geçti. Sultan Alparslan, Mısır savaşı için hazırlanmış olduğundan Bizans’la savaşmak için gereken hazırlıkları yapmak üzere zaman kazanmak için casusları aracılığıyla Rey Şehrinde konuşlanacağı duyumunu yaydı ve Rey’e değil Muş’a doğru harekete geçti. Sultan Alparslan’ın bu hamlesi işe yaradı ve Bizans Ordusu Rey şehrine doğru ilerledi. Sultan Alparslan ise Malazgirt Ovasında karargahını kurarak ordusunun hazırlıklarını tamamladı.
Sultan Alparslan, töre gereği bir bir elçi görevlendirerek Roma Ordusunun işine gelmeyecek bir barış teklifinde bulundu. Zira bu teklif esasında başlı başına bir barış değil daha çok zaman kazanmak, iletişim kurmak ve düşmanın tavrını ölçmek amacı taşıyordu. Beklendiği gibi Diyojen bu teklifi kabul etmeyerek “Sulh müzakeresini Rey’de yapacağım, Ordumu İsfahan’da kışlayıp Hamedan’da sulayacağım” demiş, Selçuklu elçileri ise “Atlarınızı Hamedan’da kışlayacağınıza eminiz, fakat sizin nerede kışlayacağınızı bilemiyoruz” diyerek geri dönmüştür.
Doğu Roma Ordusu, paralı askerlerle birlikte 70.000 kişilik bir orduyla Malazgirt ovasının kuzeyinde konuşlanmıştı. Selçuklu ordusunun askeri gücü ise sadece 40.000 kişiden ibaretti. Zira Roma ordusu, bu sefere 3 yıl boyunca hazırlanmış, Selçuklular ise Mısır seferi için çıktıkları yoldan geri dönerek mevcut ordularıyla Malazgirte ulaşmıştı. Selçuklu Ordusunun gücü Roma ordusuyla kıyasla yarı yarıya durumdaydı ancak Doğu Roma ordusu içerisinde Müslümanlıkla tanışmamış Peçenek ve Uz Türkleri de bulunuyordu. Sultan Alparslan, casuslar göndererek aynı soydan olduğu bu Türk birliklerine haber ulaştırıp kendilerine katılmaları teklifini gönderdi. Roma ordusunun en vurucu güçleri bu unsurlardı.
Zira Anadolu içlerinde bulunan Abaz, Slav, Gürcü, v.b. kavimler yoğun savaşlar içerisinde bulunmuyorlardı. Trakya bölgesinde yaşayan Peçenek ve Uz Türkleri ise hem Roma İmparatorluğu ordusu içerisinde sıkça görev yapmakta hem de Batı cephesinde kendi bağımsız hareket edebildikleri savaşlara katılmaktaydılar. Üstelik Roma Ordusunun en önemli savaş stratejisti Magistors Tarkhal’da bir Peçenek Türküydü. Alparslan’ın teklifini olumlu karşılayan Peçenek ve Uz birlikleri Roma ordusu içerisinde konuşlanmış ancak Selçuklular için mücadele etmeye karar vermişlerdi.
Her iki tarafta da tüm hazırlıklar tamamdı. Alparslan, mahiyetindeki din alimlerinin de tavsiyesiyle muharebeyi Cuma günü 26 Ağustosta yapmaya karar verdi. 26 Ağustos Cuma günü Ordusuyla birlikte Namaz kıldı ve dua etti ;
“Ya Rabbi! Sana tevekkül ediyor, azametin karşısında yüzümü yere sürüyor ve senin uğrunda cihad ediyorum. Ya Rabbi! Niyetim halistir. Bana yardım et; sözlerimde hilaf varsa beni kahret.”
Ve sonrasında askerlerine dönerek tarihe geçen o muhteşem konuşmasını gerçekleştirdi ;
“Burada Allahü tealadar başka bir sultan yoktur. Emir ve kader O’nun elindedir. Bu sebeple benimle birlikte cihad etmekte veya benden ayrılmakta serbestsiniz. “
Selçuklu ordusu, sadakat nidalarıyla Sultan Alparslan’a bağlılıklarını haykırdılar. Sultan Alparslan, Beyaz kefen elbisesini giyerek atının kuyruğunu bağladı ve eline er silahı olan Gürzü alıp askerlerine şöyle hitap etti ;
“Askerlerim! Şehit olursam bu beyaz elbise kefenim olsun. Ozaman ruhum göklere çıkacaktır. Benden sonra oğlum Melikşah’ı tahta çıkarın ve ona bağlı kalın. Zaferi kazanırsak istikbal bizimdir.“
Alparslanı kefeni giyip şehitliği kabullenmiş vakur haliyle gören Selçuklu ordusu ağlayıp helalleşerek savaş düzeni aldı ve Cuma namazından hemen sonra ilk çarpışma başladı.
Alparslan Turan taktiğini fevkalade şekilde uygulamaya başladı. Bozkır savaşlarındaki gibi Hilal şeklinde dizilen Selçuklu ordusu düşman üzerine hücum edip ilk vuruşları yaptıktan sonra yavaş yavaş geri çekilerek geriye doğru ok atabilen yetenekli süvarilerin ok atışlarıyla Roma ordusuna kayıplar verdirmeye başladılar. Selçuklu ordusunun İlk mukavemetten sonra geri çekilmesini başarısızlık olarak gören Romen Diyojen, geri çekilen Selçukluların peşinden sürek avı yapar gibi kontrolsüzce ilerlemeye başlamıştı. Bu esna da Peçenek ve Uz’lar savaştan iki saat sonra planladıkları gibi saf değiştirip Selçuklu ordusu saflarına katıldılar.
Bunun yanında Roma ile mezhep ayrılığı yaşayan ve Diyojen’in Ermeni Prensliği üzerinde uyguladığı katliamlarla itaat altına aldığı Ermeni güçleri savaş meydanından çekildiler. Diyojen, Sultan Alparslan’ın uyguladığı Turan taktiğinin farkına varınca ağır kayıplar alan ordusunu geri çekmek zorunda kaldı. Savaş Diyojen’in planladığı gibi ilerlemiyordu. Önce Peçenek ve Uz’lar karşı safa geçmiş, sonra Ermeniler savaş meydanından çekilmişti. Üstelik Alparslan’ın uyguladığı Turan taktiği de orduya büyük kayıplar verdirmişti. Savaş meydanında Türklerin Gürz ve Ok atışlarından etkilenen Roma askerleri teslim olmaya can atıyorlardı.
Roma ordusu darbe aldıkça zayıflıyordu ve moral olarak çöküntüye uğramıştı. Frank, Norman, Slav ve Gürcü birilkleri savaş meydanından kaçtılar. Hatta Roma Ordusunun esas güçleri olan Hassalar ve Seçkin birlikler bile küçük gruplar halinde savaş meydanını terk ediyordu. Yaralı askerler ve kendisine bağlı küçük bir askeri birlikle kalan Romen Diyojen, daha fazla dayanamayıp yenilgiyi kabul etti ve askerleriyle birlikte yaralı vaziyette esir alındı.
Malazgirt Savaşından ağır bir yenilgiyle çıkan mağrur imparator, Sultan Alparslan’ın huzuruna geldiğinde utancından başını kaldıramıyordu. Alparslan, onun bu haline nezaketle karşılık verip oturttu ve teselli etti. Diyojen, savaş öncesi muazzam ordusuyla Türkleri yeneceğinden emin olduğunu, aksi bir ihtimali hiç düşünmediğini açıkça dile getirdi. Sultan Alparslan kendisine “Eğer zafer sizin olsaydı bana ne yapardın?” sorusunu sordu. Diyojen, açık konuşamayıp öldürtürüm diyemeyip sadece “Kamçılatırdım” cevabını verdi. Alparslan “Benim size ne yapacağımı düşünüyorsunuz?” sorusuna ise bir ümitle “Ya öldürtürsünüz yahut İslam ülkelerinden birine esir gönderirsiniz. Mümkün görmüyorum ama beklide affedersiniz” şeklinde cevap verdi. Sultan Alparslan, yenilgiye uğramış bir imparatoru daha fazla aşağılamamak için kendisini Affetti ve ağır şartlarla bir antlaşma imzalattı.
Romen Diyojen affedilmişti ancak ülkesine döndüğünde Türklerden görmediği hakaretlere uğrayıp öldürüldü. Yerine geçen yeni Doğu Roma İmparatoru 7. Mihail Selçuklular ile yapılan anlaşmayı kabul etmese de “Malazgirt Savaşı” Selçuklulara Anadolunun tapusunu vermişti.
Malazgirt Savaşı’nın kazanılmasıyla tüm Anadolu Selçukluların ayaklarının altına serildi. İç Asya’nın keşmekeş politik yapısı sebebiyle sürekli hareket halinde olan Türk Toplumları, zengin tabiatı ve jeopolitik avantajlarıyla bin yıl boyunca vatanları olacak bu muazzam coğrafyaya yerleşeceklerdir. Üstelik Malazgirt hezimeti tüm batı dünyasını da Türklerin üzerine çekecektir. Malazgirt Savaşına kadar insan bile sayılmayan doğu kavimleri artık Türk Sancağı ile tanışarak Dünyanın Batıdan ibaret olmadığı gerçeğiyle yüzleşecektir.
Malazgirt Savaşından sonra Batı Tarihine yön vermeye başlayan Büyük Selçuklu Devleti, komutanlarına bağımsız taarruz ve sefer emri vererek tüm Anadolu’nun Türk Yurdu haline gelmesi için büyük çabalar sarf etti. Selçuklu orduları sadece bir yıl sonra Ege, Akdeniz ve Karadeniz kıyılarına ulaşmıştı bile.
Sultan Alparslan, Anadolu’nun fethiyle Batı sınırlarını genişletmişti ancak ülkenin doğusunda henüz fetihler tamamlanmamıştı. Büyük Selçuklu Devletinin batı sınırlarında ikiye bölünmüş ve birbirleri ile mücadele halinde olan Karahanlılar Devleti bulunuyordu. Alparslan, Karahanlıları Selçuklu hakimiyeti altına almak için Fergana seferine çıktı. Kısa süre içerisinde Ceyhun Nehrini geçerek Batı Karahanlıların hakimiyeti altında bulunan bölgeye girmişti ancak kale kumandanı Yusuf El Harezmi tarafından sırtından bıçaklanarak öldürüldü. Bizansı dize getirip Asya’nın dörtte birini fetheden büyük kumandan Alparslan, bir ihanet sonucu kumandanlarından biri tarafından hançerle öldürülmüştü (25 Kasım 1072).